Для облегчения пайки полигоны обычно ограждают от pad-ов термальным отступом:
Такой подход очень удобен и правелен, вот только Altium Designer не различает посадочную площадку от переходного отверстия и делает отступ как от via так и от pad.
Для того, чтобы исправить эту досаду нужно отредактировать правила.
Отрываем файл pcb нашей платы и жмём клавишу d — затем r.
Или идём в меню Design — Rules.
Теперь в левом дереве элементов выбираем Plane — Polygon Connect Style:
Жмём по нём правой клавишей мыши и выбираем New Rule.
Таким образом мы создали новое правило, переходим к его редактирования выбрав его мышью:
Теперь нужно указать что это правило работает только для Via и убрать термальный отступ:
Теперь жмём Ok и перезакрашиваем полигоны. Всё готово.